Para propósitos de examen de agua, los enterococos pueden ser considerados como indicadores de contaminación fecal, por lo que su presencia en los alimentos indica falta de higiene o defectuosas condiciones de conservación.
La enumeración de Enterococos se basa en la filtración de un volumen específico de la muestra a través de un filtro de membrana con un tamaño de poro suficiente para retener las bacterias.
El filtro es colocado en un medio selectivo sólido , las colonias típicas se observan en el centro o en su totalidad, de color rojo, marrón o rosado, las cuales deben ser confirmadas traspasando el filtro de membrana sobre el medio BEA, el enterococos intestinal hidroliza la esculina en este medio en 2 horas, las colonias típicas tienen un color tostado a negro compuesto que se difunde en el medio.